Trước năm 2012, trung tâm tỉnh Malatya trước đây là thành phố tỉnh lỵ (merkez ilçesi) Malatya. Năm 2012, Thổ Nhĩ Kỳ thông qua luật công nhận các tỉnh có dân số trên 750.000 người là những thành phố tự trị (büyükşehir belediyeleri). Theo đó, thành phố tỉnh lỵ cũ được giải thể và chia về cho các huyện. Hiện tại, thành phố chỉ còn 13 huyện hành chính:

• Akçadağ
• Arapgir
• Arguvan
• Battalgazi
• Darende
• Doğanşehir
• Doğanyol
• Hekimhan
• Kale
• Kuluncak
• Pütürge
• Yazıhan
• Yeşilyurt